Contrôle génétique et épigénétique de l’hématopoïèse normale et maligne

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Camille Lobry

Chef d’équipe

Stéphanie CHAMBAUD

Thématiques de recherche

Thématiques de recherche

Camille Lobry

La Leucémie Aiguë Myéloïde (LAM) est la leucémie aiguë la plus fréquemment diagnostiquée chez l’adulte et présente une survie globale médiocre, avec peu de thérapies ciblées disponibles. Les régions non codantes du génome jouent un rôle important dans la régulation de la transcription des gènes et comprennent des isolateurs, des enhancers et des ARN non codants. L’étude de ces régions pourrait aider à décrypter les mécanismes leucémogènes et à concevoir de nouvelles thérapies ciblées.

  • Leucémie Myéloïde Aiguë
  • Leucémie Myéloïde Aiguë secondaire
  • Syndromes Myélodysplasiques

Axes de recherche

Les Super-Enhancers (SE) ont été caractérisés comme des enhancers isolés ou groupés présentant un enrichissement inhabituellement élevé en coactivateurs transcriptionnels et de fortes modifications des queues d’histones.
Les cellules leucémiques présentent souvent des profils d’expression génique et une utilisation des enhancers altérés par rapport à leurs homologues normales.
Les SE ont tendance à être enrichis autour de gènes jouant des rôles oncogéniques et à en contrôler l’expression.
Nos résultats montrent que les profils et l’activité des SE dépendent des altérations oncogéniques, et en particulier que les oncogènes de fusion peuvent détourner des régions génomiques pour créer des SE aberrants de novo, induisant une surexpression des oncogènes.
Nous utilisons des combinaisons d’approches transcriptomiques et épigénomiques à l’échelle du génome, associées à des technologies de criblage à haut débit basées sur CRISPR/Cas9, shRNA et CRISPRi, afin d’interroger les fonctions des SE et leur importance dans la régulation transcriptionnelle et la progression de la leucémie.

Des oncogènes essentiels et des programmes oncogéniques, tels que MYC, contrôlent l’expression des gènes métaboliques dans les cellules leucémiques et induisent un changement ou une reprogrammation métabolique durant la transformation et la progression de la maladie.
Inversement, plusieurs régulateurs épigénétiques dépendent d’intermédiaires métaboliques pour exercer leurs fonctions catalytiques, et les dysfonctionnements métaboliques ont un impact sur les programmes d’expression génique dans les cellules leucémiques.
Comprendre cette interaction pourrait aider à identifier de nouvelles vulnérabilités dans les cellules leucémiques. En collaboration avec le laboratoire du Dr. Puissant, nous utilisons des modèles in vivo et in vitro, combinés à des caractérisations multi-omiques, pour explorer et décrypter ces mécanismes complexes.

Avec l’avènement du séquençage à haut débit et le développement de nombreuses techniques multi-omiques, la recherche en cancérologie repose de plus en plus sur des analyses de biologie moléculaire et bioinformatique de pointe, souvent peu accessibles aux biologistes non spécialistes.
Notre équipe accompagne les chercheurs dans la conception et la réalisation de techniques omiques classiques telles que RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, ainsi que des criblages à haut débit utilisant CRISPR/Cas9 ou shRNA, et développe des pipelines d’analyse bioinformatique standardisés pour les aider à explorer leurs données.

Membres de l’équipe

Camille Lobry
Directeur de Recherche, Chef d’équipe
Séverine Lecourt
Ingénieure de Recherche
Ismail El-Azrak
Assistant Ingénieur
Naelle Guillon
Ingénieure d’étude bioinformatique
Paul-Arthur Meslin
Etudiant en thèse bioinformatique
Chloé Zédouard
Etudiante en thèse (co-tutelle Puissant Lab)
Rayan Daher
Apprentie, Master 2 bioinformatique
Ranya Alawadhi
Master 2

Publications scientifiques

Paul-Arthur Meslin & al, NAR Genomics and Bioinformatics, 2024

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PitViper: a software for comparative meta-analysis and annotation of functional screening data
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Salima Benbarche & al, Science Adv, 2022

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Screening of ETO2-GLIS2-induced Super Enhancers identifies targetable cooperative dependencies in acute megakaryoblastic leukemia
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Angela Su & al, Cancer Discov, 2020

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